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Equipo de Investigación español utiliza el sistema de Roche GS FLX+ para secuenciar bacterias resistentes a antibióticos de un reciente brote en un hospital 1/9/2014
Equipo de Investigación español utiliza el sistema de Roche GS FLX+ para secuenciar bacterias resistentes a antibióticos de un reciente brote en un hospital Un grupo de investigadores del Instituto de Investigación del Hospital Universitario La Paz (IdiPAZ, Madrid), LifeSequencing S.L. (Valencia), Era7 Bioinformatics (Madrid) y Roche Spain (Barcelona) anunciaron hoy la secuencia del genoma completo de tres cepas resistentes a antibióticos de Klebsiella pneumoniae aisladas de un brote reciente en un hospital español.
Los datos de la secuencia, generados usando el sistema 454 GS FLX+ de Roche, son de los primeros de esta especie bacteriana en concreto, proporcionando nueva información sobre cómo la resistencia a antibióticos evoluciona en este microorganismo y conduce en ocasiones a brotes en hospitales.
Klebsiella pneumoniae es una bacteria que se encuentra frecuentemente en la boca e intestino de humanos sanos. En la mayoría de los casos, no conduce a ninguna enfermedad, pero puede mutar y causar diversos tipos de infecciones. La bacteria también tiene una importante capacidad para adquirir resistencia a antibióticos. Tres aislados estrechamente relacionados de una cepa patogénica de K. pneumoniae con grados de resistencia a antibióticos en aumento fueron obtenidos en el departamento de Microbiología del Hospital Universitario La Paz y secuenciados en LifeSequencing en Valencia, España usando las largas reads del Sistema GS FLX+, desarrollado por 454 Life Sciences, una compañía de Roche.
Los datos de la secuencia fueron ensamblados usando el software GS De Novo Assembler y la anotación funcional se realizó para identificar genes relevantes codificados en los tres genomas con BG7, el sistema optimizado que desarrolló Era7 Bioinformatics, y que proporciona una anotación funcional extensa de los datos de la secuenciación 454. Los investigadores descubrieron que las tres cepas bacterianas mostraban un aumento en el patrón de resistencia a un amplio número de los antibióticos más comúnmente usados en el hospital. La comparación entre los genomas nos aportará información sobre cómo la resistencia a antibióticos evoluciona en K. pneumoniae y ayudará en los esfuerzos de reducir la creciente prevalencia de la resistencia a antibióticos a nivel mundial. Además, la comparación de estos genomas con otras bacterias previamente estudiadas ayudará comprender cómo un microorganismo que forma parte de nuestro microbioma normal puede convertirse en un peligroso patógeno. "La secuenciación rápida y asequible de bacterias patogénicas es un gran avance cualitativo y cuantitativo que está cambiando radicalmente el modo en el que investigadores y clínicos ven el proceso de las enfermedades infecciosas", dijo el Dr. Jesús Mingorance, investigador principal en el Hospital Universitario La Paz. Los sistemas de Roche GS FLX+ y GS Junior están ayudando en la detección de patógenos y en los esfuerzos de genómica comparativa de bacterias que se realizan a nivel mundial.
Sobre Roche
Oficina central en Basilea, Suiza, Roche es líder en la atención sanitaria basada en la investigación con las fuerzas combinadas de la farmacéutica y el diagnóstico. Roche es la mayor compañía biotecnológica en el mundo con medicamentos verdaderamente distintivos en oncología, virología, inflamación, metabolismo y SNC. Roche es también lider mundial en diagnóstico in-vitro, diagnóstico de cáncer basado en tejido y pionera en el control de la diabetes. La estrategia de atención sanitaria personalizada de Roche pretende proporcionar medicamentos y herramientas de diagnóstico que permitan mejoras tangibles en la salud, calidad de vida y supervivencia de los clientes. En 2011, Roche tenía más de 80,000 empleados en todo el mundo e invirtió más de 8 billones de francos suizos en R&D. El Grupo publicó ventas de 42.5 billones de francos suizos. Genentech, Estados Unidos, es un miembro de plena propiedad del Grupo Roche. Roche tiene una participación mayoritaria en Chugai Pharmaceutical, Japón. Para más información: www.roche.com
Sobre IdiPAZ
El Instituto para la Investigación Sanitaria IdiPAZ fue creado como un lugar para la investigación biomédica, como resultado de la relación que se ha forjado a lo largo de los años entre el Hospital Universitario La Paz (HULP) y la Universidad Autónoma de Madrid (UAM). Esta alianza estratégica ha permitido la formación de equipos multidisciplinares de las instituciones mencionadas para la participación en proyectos de investigación conjuntos, aprovechando los recursos humanos y materiales a su disposición y promoviendo la captación de fondos para investigación. Para más información: www.idipaz.es
Sobre Era7 Bioinformatics
Era7 Bioinformatics es la compañía bioinformática líder española en Next Generation Sequencing con un modelo de negocio basado en la Investigación, Open Source y el uso de Amazon Cloud Computing. Su enfoque está en la genómica bacteriana, que ha guiado el desarrollo de BG7, una pipeline innovadora para la anotación de genomas bacterianos diseñada para datos de Next Generation Sequencing. Para más información: www.era7bioinformatics.com.
Sobre LifeSequencing
LifeSequencing está basado en Valencia, España. Es la compañía líder española en la generación de datos de Next Generation Sequencing y su interpretación. LifeSequencing está especializada en el desarrollo de soluciones de secuenciación hechas a medida para responder a cualquier pregunta que los investigadores y las compañías privadas puedan formular. Para más información: www.lifesequencing.com.
 
 
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