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Nueva publicación de nuestro equipo en MBio: Bloody coli: un cóctel de genes en Escherichia coli O104:H4 1/9/2014
Nueva publicación de nuestro equipo en MBio: Bloody coli: un cóctel de genes en Escherichia coli O104:H4 Nuestra jefa de investigación, la Dra. Raquel Tobes, ha publicado un artículo en la publicación mbio sobre Escherichia coli.
En Era7 Bioinformatics tenemos amplia experiencia con E. coli e hicimos con BG7 una de las primeras anotaciones del genoma de E.coli del brote alemán.
En este artículo el Dr. Fernando Baquero y la Dra. Raquel Tobes escriben:
"como en un proyecto crowdsourcing de software, la evolución de O104:H4 comienza con un proyecto de bacteria plástico en el que nuevos elementos, incluidos genes de patogenicidad, son aportados anónimamente por bacterias similares. Al final, tenemos diferentes combinaciones de elementos que se desarrollan y crecen continuamente dentro de la comunidad crowdsourcing. Cómo seguir ese proceso es el objetivo que nos permitiría predecir los factores de riesgo para futuros brotes epidémicos.
Vigilar un reducido número de genes conservados puede producir resultados engañosos, porque los genes de patogenicidad están frecuentemente localizados en módulos móviles con poca conservación en su secuencia. La disponibilidad de las tecnologías Next Generation Sequencing (NGS) nos permite revelar el paisaje génico completo de una bacteria y, aún más, de una comunidad de bacterias. Esta nueva perspectiva de los brotes elude la vieja tendencia de sólo centrarse en unos genes conservados concretos que pertenecen a los agentes causativos. NGS permite a los científicos darse cuenta de la importancia de las unidades génicas que se mueven libremente entre las cepas y analizar el flujo de estos genes entre comunidades bacterianas. En la era postgenómica, las tecnologías NGS facilitan los esfuerzos en salud pública con herramientas avanzadas y rápidas que permiten a los investigadores no sólo analizar retrospectivamente la evolución epidemiológica de un brote epidémico, sino también predecir su futura evolución."
 
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