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Nuevo artículo de Oh no sequences!, el grupo de investigación de Era7 Bioinformatics 1/9/2014
Nuevo artículo de Oh no sequences!, el grupo de investigación de Era7 Bioinformatics Un nuevo artículo ha sido publicado: Secuencia del genoma de Klebsiella pneumoniae KpQ3, un aislado nosocomial productor de la DHA-1 β-lactamasa.
Klebsiella pneumoniae es un bacilo Gram-negativo que pertenece a la familia Enterobacteriaceae. Los aislados de K. pneumoniae son en su mayoría microorganismos comensales y del medio ambiente pero pueden convertirse en patógenos oportunistas y nosocomiales, causantes de una variedad de infecciones, incluyendo infecciones de los tratos urinarios y respiratorios, del torrente sanguíneo y del tejido blando. Esta bacteria tiene una capacidad significativa para adquirir resistencia a antibióticos.
K. pneumoniae KpQ3 fue aislada del cultivo de la sangre de un paciente de la unidad de quemados en el contexto de un pequeño brote en el Hospital Universitario La Paz. El equipo Oh no sequences! de Era7 Bioinformatics hizo el ensablaje y anotación del genoma. El ensamblaje fue hecho con Newbler y fue refinado manualmente. El genoma KpQ3 se subió a GenBank (AMSU00000000) con 73 contigs ensamblados en 18 scaffolds con una longitud global del genoma de 5,401,505 pb. La anotación del genoma fue hecha usando el sistema de Anotación del Genoma Bacteriano BG7 de Era7 Bioinformatics.
Este trabajo, publicado en la revista Genome Announcements de la American Association of Microbiology, supone un nuevo éxito para Era7 Bioinformatics en relación con su proyecto NEXTMICRO. El objetivo de este proyecto es el desarrollo de una plataforma capaz de manejar todos los datos de las secuencias NGS y todos los otros datos importantes relacionados durante un brote. El proyecto NEXTMICRO incluye el sistema de anotación BG7 y las nuevas pipelines y servicios de Cloud Computing especialmente diseñados o adaptados para manejar los datos NGS de los brotes en hospitales y comunidades.
 
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