flecha

Noticia

flecha
Era7 Bioinformatics publica un nuevo genoma bacteriano 1/9/2014
Era7 Bioinformatics publica un nuevo genoma bacteriano Hemos publicado la primera secuencia completa del genoma de una cepa de Staphylococcus aureus asignada al complejo clonal 12. Los datos de la secuenciación en Illumina junto a unos pocos datos de PacBio produce mejores resultados que usando únicamente Illumina.
La cepa fue aislada de un brote de intoxicación alimentaria debido a la contaminación de ensalada de patatas en Suiza en 2009, y esta produce enterotoxina estafilocócica B.
El genoma de la cepa Staphylococcus aureus KLT6 ha sido secuenciado con las tecnologías Illumina y PacBio. El genoma bacteriano secuenciado es una cepa de Staphylococcus aureus de un brote en Suiza. El brote se remontó a una cepa de S. aureus productora de enterotoxina estafilocócica B (SEB) que fue designada como cepa KLT6 y fue asignada al CC12 y tipo spa t160.
El ensamblaje y scaffolding se han hecho utilizando AG7 de Era7 Bioinformatics y la anotación con el sistema de anotación bacteriano BG7 de Era7 Bioinformatics. El artículo muestra cómo añadir algunos datos de PacBio a un proyecto de genoma bacteriano de Illumina mejora los resultados obtenidos. Los resultados pueden comprobarse mediante el mapeado óptico. Este trabajo supone un nuevo éxito en los métodos para los proyectos de genómica bacteriana de Era7 Bioinformatics. Además, este trabajo constituye también un nuevo paso en nuestro proyecto NEXTMICRO, sobre NGS y el manejo de los brotes epidémicos.
 
Document Documento asociado
Link Más información
 
Permalink  
Delicious  Technorati  Facebook  Twitter  Meneame 
Búsqueda
linea
Google Búsqueda personalizada
Área colaborativa de la BioRegión
Área colaborativa de la BioRegión
RSS
linea
RSS RSS Andalucía BioRegión
Acceso usuarios
linea
Email:
Contraseña:

Registrarse

¿Olvidó su contraseña?

Acceso empresas/centros
linea
Email:
Contraseña:

Registre su empresa

¿Olvidó su contraseña?

Nube de etiquetas
linea
Ver más etiquetas
Área colaborativa de la BioRegión